马耳他作为地中海医疗中心，在历史上曾经有很长一段时间都拥有全欧洲最好的医院，如今，马耳他既有由政府免费提供医疗保健服务的公立医疗系统，也有由私人投资设立的私立医疗保健系统。
世界卫生组织发布的世界医疗体系排行榜中，马耳他世界排名第五（加拿大排名30，澳洲32，美国37，而中国144），医疗系统与英国非常类似，实行免费公立医疗制度。居民每年缴纳300欧左右的医疗保险，即可在各大公立医院免费享受绝大多数医疗服务。
强大的医护队伍
马耳他全国的居民按照居住地分为5个片区，每个片区都有一个24小时运转的医疗中心，居民只要凭身份证明就可以随时就诊，全科家庭医生会根据病情决定自己治疗还是转到公立医院接受二级和三级医疗护理。在公立医院住院，家属不允许陪同，病人接受检查、护理等，由医院派专人负责。
除此之外，马耳他还拥有众多的医疗卫生志愿组织，如阿尔法医学会（高级护理）、紧急消防及救援单位、圣约翰救伤队及红十字会等，为马耳他居民提供急救及护理服务。
整洁的医疗环境
马耳他的医院称得上一尘不染。比如地面，远观近看一样干净，因为地板并不是瓷砖或者大理石拼接而成的，而是整体铺上去的，这就避免了瓷砖之间的接缝处滋生细菌。能考虑到这么小的细节，这是很多国家的医院做不到的。
完善的配套设施
马耳他现代化的病房中，每个病床都配有电脑、电视，病人住院期间可以看电视、上网、玩游戏、听音乐，不会觉得无聊。另外，每张病床旁都有电话，早八点至晚八点均可以直接与外界对话，十分方便。
明显的科室区分
马耳他医院的各个科室是以建筑颜色来区分的，比如说棕色代表是心血管相关科室；如果病人骨折了，应该去黄色建筑区寻找外科科室。这样一来病人看病十分方便。
全民免费医疗体制
马耳他居民只要每年缴纳300欧左右的医疗保险，即可在各大公立医院免费享受绝大多数医疗服务。诊费全免，住院也免费，只有处方药需要自己去药房购买。
如果患者还要享受更高质量的医疗服务，可以选择由私人投资设立的私人医疗系统，根据自身实际需要寻求相应的私人医疗服务。私人医疗系统虽然不免费，但是可以很好地补充公立医疗系统，提供全方位的医疗保障。
马耳他医疗
